Syftet med att biotopkartera kan variera beroende på vad målsättningen i en undersökning är. Det övergripande syftet med att biotopkartera kan sammanfattas med att det är tänkt att ge en kvantitativ bild av vattendragen och dess strandområden som ska kunna användas som underlag för prioritering av åtgärder. Detta görs genom att
- beskriva och kvantifiera vattendragets biotoper
- beskriva och kvantifiera strandzonens biotoper
- beskriva och kvantifiera påverkan och naturlighet
- lokalisera och beskriva vandringshinder för fisk
- ge underlag för att kunna lokalisera värdefulla vattendragsbiotoper, ev potentiella nyckelbiotoper
- lokalisera och beskriva broar.